2002 年，Tim Kemp 發現 Subversion 是一個非常好的版本控制系統，但是缺少一個好用的 GUI 介面。一個類似於 TortoiseCVS 的 CVS 介面激發了他建立一個 Windows shell 整合式 Subversion 介面的想法。Tim 研究了 TortoiseCVS 的原始碼，並將其作為 TortoiseSVN 的基礎。然後他開始這項專案，註冊了網域名稱 tortoisesvn.org，並將原始碼放到網路上。

大約在那個時候，Stefan Küng 正在尋找一個好用的免費版本控制系統，並且找到了 Subversion 和 TortoiseSVN 的原始碼。由於 TortoiseSVN 尚未 آماده للاست使用，他加入了這個專案並開始編寫程式。他很快便改寫了大部分現有的程式碼並開始新增指令和功能，一直到最後原始碼沒有任何部分保留下來為止。

隨著 Subversion 變得更穩定，吸引了越來越多的使用者，他們也開始使用 TortoiseSVN 作為他們的 Subversion 介面。使用者群快速成長（而且每天持續成長）。這時，Lübbe Onken 提供協助，製作出許多漂亮的圖示和 TortoiseSVN 的標誌。現在他負責維護網站和管理眾多翻譯。

隨著時間過去，其他版本控制系統都獲得了各自的 Tortoise 介面，這導致了檔案總管圖示疊加的問題：此類疊加的數量有限，而且一個 Tortoise 介面就很容易超出這個限制。這時，Stefan Küng 實作了 TortoiseOverlays 元件，讓 Tortoise 介面可以使用相同的圖示疊加。現在，所有開源的 Tortoise 介面，甚至一些非 Tortoise 介面都使用那個共用元件。