如果在沒有使用任何命令列參數的情況下啟動 TortoiseMerge，您必須手動使用 → 來開啟檔案。
您首先必須決定您只要比較/合併檔案，或者您想要套用一個補丁檔。您所選擇的項目將決定會啟用哪些對應的編輯方塊和瀏覽按鈕。
如果您要比較/合併檔案，您必須設定Basis、Mine和Theirs的3個可能路徑中至少2個路徑。如果您只選擇兩個檔案，TortoiseMerge 會顯示那兩個檔案之間的差異，以雙窗格檢視或單一窗格檢視方式顯示。
如果您要合併三個檔案，TortoiseMerge 會顯示差異以三窗格檢視方式顯示。此檢視通常會用於當您需要解決衝突檔案時。這種情況下不會命名輸出檔，您必須使用 → 來儲存結果。