TortoiseMerge 不僅 顯示 檔案之間的差異，還讓您能解決衝突或套用變更。

如果您在雙窗格檢視中，則只能編輯右窗格中的檔案 (我的)。若要套用在左側檔案中 (他們的) 進行的變更，在 已變更的行上面按 滑鼠右鍵，然後選取 內容功能表 → 使用來自「他們的」文字區塊。接著，左側檔案的變更會新增至右側檔案中。

有時您實際上需要兩個文字區塊，而內容功能表也提供給您 內容功能表 → 使用兩個文字區塊（這個在前面） 和 內容功能表 → 使用兩個文字區塊（這個在後面）。

您也能以文字編輯器的方式編輯產出檔案。此類行會以鉛筆圖示標示。請注意，如果您要進行上面說明的任何行/區塊變更，最好先進行這些變更，因為只要開始自行編輯檔案，TortoiseMerge 就無法繼續追蹤與原始檔案的關係。

如果您在三個窗格檢視中（有時稱為 合併檢視），則只能編輯最下方檢視中的檔案 (已合併)。與雙窗格檢視一樣，您能在發生衝突的行按 滑鼠右鍵，然後選取 內容功能表 → 使用來自「他們的」文字區塊 或 內容功能表 → 使用來自「我的」文字區塊。此外，如果您要 兩個 區塊，則可以選取 內容功能表 → 使用來自「我的」文字區塊並置於「他們的」前 或 內容功能表 → 使用來自「他們的」文字區塊並置於「我的」前。根據您選取的命令，變更會套用在結果的 已合併 檔案中。

有時檔案會在 Subversion 中標示為有衝突，但當您使用 TortoiseMerge 檢視時，卻沒有顯示任何衝突。這可能是因為您選擇的空白處理。如果您選擇忽略行尾或空白變更，那些行將使用 已忽略衝突 圖示標示。若要解決衝突，您仍需要選擇要使用的版本。