TortoiseMerge 可以使用命令列參數啟動，以避免必須透過「開啟」對話方塊自行選取檔案。如果您想要從其他應用程式使用 TortoiseMerge，這也很有用。
大部分參數需要額外資訊，例如路徑或其他字串。在這些情況下，請在參數後方加上「:」，並將字串/路徑放在其後。範例
/base:"c:\folder\my base file.txt"
表 B.1. 可用的命令列選項列表
| 命令 | 描述 |
|---|---|
| /? | 顯示一個包含最重要的命令列參數的對話方塊。 |
| /help | 與 ? 相同。 |
| /base | 指定用於三向差異比對的 base 檔案。這是正在進行差異比對的檔案的共同祖先，雖然它不會顯示在個別視窗中。對於雙向差異比對，這是左側檔案。 |
| /basename | base 檔案的名稱。這會顯示在檢視標題中，而不是檔案路徑。對於三向差異比對，它會顯示在檢視標題的工具提示中。 |
| /basereflectedname | 用於 editorconfig 範本的名稱。 |
| /theirs | 指定用於三向差異比對的 theirs 檔案，顯示在左側窗格中。 |
| /theirsname | theirs 檔案的名稱。這會顯示在檢視標題中，而不是檔案路徑。 |
| /theirsreflectedname | 用於 editorconfig 範本的名稱。 |
| /mine | 指定用於三向差異比對的 mine 檔案，顯示在右側窗格中。對於雙向差異比對，這是右側檔案。 |
| /minename | mine 檔案的名稱。這會顯示在檢視標題中，而不是檔案路徑。 |
| /minereflectedname | 用於 editorconfig 範本的名稱。 |
| /merged |
指定用於差異比對的結果 merged 檔案。這是儲存合併/衝突解決結果的檔案路徑。 如果未針對三向差異比對設定此項，則 TortoiseMerge 會詢問使用者要將結果儲存到哪裡。 如果未針對雙向差異比對設定此項，則 TortoiseMerge 會自動使用右側檢視中顯示的檔案路徑作為儲存路徑。 |
| /mergedname | merged 檔案的名稱。這會顯示在檢視標題中，而不是檔案路徑。 |
| /mergedreflectedname | 用於 editorconfig 範本的名稱。 |
| /patchpath | 應套用修補程式的路徑。如果您未設定此路徑，則 TortoiseMerge 會嘗試自行尋找路徑，以符合修補程式檔案中的路徑，但這可能需要 非常長的時間。 |
| /saverequired | 如果指定，即使使用者未修改檔案，也會強制 TortoiseMerge 在結束前詢問是否儲存檔案。 |
| /saverequiredonconflicts | 如果指定，即使使用者未修改檔案，且發現衝突，也會強制 TortoiseMerge 在結束前詢問是否儲存檔案。 |
| /patchoriginal | 要修補的原始檔案名稱。用於檢視標題。 |
| /patchpatched | 產生的已修補檔案名稱。用於檢視標題。 |
| /diff | 要套用至目錄的修補程式/diff 檔案路徑。 |
| /oneway | 強制 TortoiseMerge 以單向檢視啟動，而非使用者在設定中指定的檢視。 |
| /reversedpatch | 切換指定兩個檔案的左右檢視以進行差異比對。 |
| /createunifieddiff | 建立兩個檔案的 unified diff 檔案 (修補程式檔案)，這兩個檔案以 /origfile:"path_to_original_file" 和 /modifiedfile:"path_to_modified_file" 指定。目標路徑以 /outfile:"path_to_resulting_patchfile" 設定。如果未設定 /outfile，則會顯示檔案儲存對話方塊，以便使用者選擇儲存修補程式檔案的位置。注意：如果設定 /createunifieddiff，則會忽略所有其他參數。 |
| /line | 指定載入檔案後要跳到的行號。 |
| /readonly | 防止檔案被編輯。這表示 TortoiseMerge 的編輯功能已停用。 |
| /nosvnresolve | 防止 TortoiseMerge 在儲存檔案後詢問是否要在 SVN 中將檔案標記為已解決。 |
您也可以在命令列上提供簡單的檔案名稱，為了與其他 diff 程式相容。在此簡化形式中，命令列為
TortoiseMerge BaseFilePath MyFilePath [ TheirFilePath ]
如果提供兩個檔案，則會將它們彼此比較。如果提供三個檔案，則第一個檔案會被視為 BASE 檔案，另外兩個檔案會與其進行三向差異比對。